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As tecnologias de sequenciamento de nova gera‡Æo geram um grande volume de dados, a um custo reduzido, realidade essa inimaginável com sequenciamento de Sanger, e com isso diversos desafios computacionais surgiram, dentre estes a montagem ab initio, um dos desafios que merece destaque, pois logo que as tecnologias de nova gera‡Æo surgiram com leituras curtas variando de 25 a 100 pb, a comunidade científica se mostrou incrédula quanto a possibilidade de montarmos genomas ab initio utilizando somente essas leituras curtas. Este trabalho tem como principal objetivo demonstrar que é possível montar um genoma bacteriano utilizando somente leituras curtas pareadas de 25 nt. Foi desenvolvida uma estratégia híbrida que combina os contigs das melhores montagens ab initio obtidas pelas metadologias de grafo de Bruijn e Overlap Layout Consensus, após essa etapa os contigs sÆo ordenados e orientados baseado em um genoma de referência, gerando um scaffold preliminar, em seguida os gaps presentes neste scaffold sejam fechados in silico. Para valida‡Æo da estratégia foi utilizando o genoma da bactéria Corynebacterium pseudotuberculosis.

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Pesquisadora de Bioinformática no Grupo Fleury, graduada em Ciência da Computa‡Æo, mestre em Bioinformática e aluna de doutorado da USP. Gerencia e desenvolve ferramentas e solu‡äes de bioinformática para montagem de genoma, metagenomas, transcriptomas, mirnomas, metilomas e exomas bem como para análise de dados de sequenciadores NGS.

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