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Neuerscheinungen 2012

Stand: 2020-01-07
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Julia Negerisch

Methoden zur SH2-Bindungsvorhersage


Entwicklung und Evaluierung
Aufl. 2012. 96 S. 220 mm
Verlag/Jahr: AV AKADEMIKERVERLAG 2012
ISBN: 3-639-39380-5 (3639393805)
Neue ISBN: 978-3-639-39380-4 (9783639393804)

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Src-Homologie-2-Domänen (SH2) sind ca. 100 Aminosäuren lange Peptid-Bindungsmodule, die an verschiedenen therapeutisch relevanten zellulären Prozessen beteiligt sind. Die Identifizierung der spezifischen Wechselwirkungspartner einer SH2-Domäne ist von elementarer Bedeutung für das Verständnis ihrer biologischen Funktion und für eine zuverlässige Bestimmung ihrer Angriffsziele. Für diese Arbeit wurde eine Evaluierung der SMALI(scoring matrix-assisted ligand identication)-Algorithmen auf einer erweiterten Menge von 120 SH2-Domänen durchgeführt. Dabei fanden experimentell bestimmte SMALI-Matrizen für 76 Domänen Verwendung zur Vorhersage der Matrizen für die restlichen 44 Domänen. Für die Vorhersagen wurden eine Analyse der Homologie der SH2-Domänen sowie eine Strukturanalyse der 3D-SH2-Domäne-Ligand-Komplexe zur Bestimmung der mit Liganden interagierenden Positionen der SH2-Domänen durchgeführt.