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En France, le virus de l hépatite E (VHE) est responsable de cas d hépatites aigües sporadiques dont les origines et les modes de transmission sont incertains. Or, le VHE est le seul virus des hépatites à infecter d autres espèces animales que l homme. Les objectifs de cette thèse ont été d évaluer le risque de transmission zoonotique du VHE porcin pour l Homme en France par des méthodes de génomique. Ces travaux développés en 4 parties ont permis de montrer le risque zoonotique du VHE du porc consommé en France et son adaptation génomique complète à ses deux espèces hôtes. Le VHE est un virus zoonotique à ARN particulier dont la variabilité génétique dépend de son épidémiologie singulière, qui inclue la possibilité de transmissions alimentaires à partir d un réservoir animal domestique. Ce travail permet enfin de poser les perspectives d études phénotypiques du VHE.

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