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La famille des Bunyaviridae regroupe plus de 350 virus transmis par des arthropodes, classés en cinq genres. La prévalence de ces virus en RCA est mal connue, il est nécessaire d avoir des diagnostics moléculaires fiables permettant de mieux caractériser les vecteurs et d identifier les réservoirs qui sont le plus souvent inconnus. Etant donnée la diversité de ces virus, des amorces consensus pour un diagnostic d espèce ont été définies au laboratoire pour séquencer des segments encadrés des virus du genre Orthobunyavirus. Les séquences complètes du segment S et partielles de la glycoprotéine G2 (segment M) de dix souches virales ont été obtenues. La comparaison des séquences nucléiques du segment S et de la protéine G2 obtenues à celle de la souche de référence Bunyamwera NC_001927 montre une différence de 5 % à 15 % et 3,3 % à 42,2 % respectivement. Les séquences des protéines N et G2 de la souche M Poko ArB365 ont été les plus divergentes (15 % et 42,2 % de différence respectivement). L arbre phylogénétique construit avec les séquences de la protéine N est monophylétique contrairement à celui obtenu avec les séquences de la protéine G2.

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